Setelah berakhirnya Perang Genesis, Zack justru kehilangan mentornya bernama Angeal Hewley yang sangat berpengaruh dalam meningkatkan karirnya sebagai SOLDIER. Sementara Dr. Hollander yang sebagai satu-satunya saksi yang masih hidup akhirnya ditangkap dan diinterogasi oleh Turks untuk kemudian ditahan di Junon. Namun itu semua belum berakhir, karena Shinra Company masih memiliki musuh lain yang saat ini sedang merencanakan penyerangan-penyerangan...